厦门海底隧道轨道交通5号线为东向出岛复合功能快线。始于厦门岛两岸金融中心的五通站,终于翔安南部新城的彭厝站。珍稀海洋物种国家级自然保护区处于二者 规划区域所夹海域内。在统筹好区域规划与保护自然保护区的前提下,跨海段3个方案进行线路比选,最终选择中线方案。